La Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) es una de las universidades más grandes del mundo y está considerada como una de las universidades más renombradas de América Latina. La cooperación entre la Freie Universität Berlin y la UNAM, que existe desde 1988 y que, entre otras cosas, resultó en el establecimiento de una oficina de campo de la UNAM en la Freie Universität en 2018, fue impulsada significativamente por la LAI.

La UNAM es uno de los socios centrales de cooperación del LAI, lo que es particularmente evidente en el gran número de colaboraciones de investigación entre las dos instituciones. Destacan los Grupos Internacionales de Formación en Investigación "Entre Espacios" (2009-2018) y "Temporalidades de Futuro" (2019-2025), considerados proyectos excelentes y excepcionales en el panorama académico germano-latinoamericano.

Otro componente de la cooperación es la cooperación internacional de enseñanza entre la Escuela de Postgrados de la UNAM y la Maestría Interdisciplinaria en Estudios Latinoamericanos. En esta cooperación de enseñanza, se ofrecen cursos idénticos en ambas instituciones y se organizan varias sesiones conjuntas entre los estudiantes mexicanos y alemanes, en las que los estudiantes pueden intercambiar ideas más allá de las fronteras nacionales, adoptar diferentes perspectivas y adquirir una valiosa experiencia internacional en el espacio virtual.

La amplia cooperación entre estudiantes y académicos de ambas instituciones también ha dado lugar a numerosas publicaciones conjuntas.