Die interdisziplinäre Geschlechterforschung hat das Profil des Lateinamerika-Institutes wesentlich mitgeprägt. Die wissenschaftliche Auseinandersetzung mit den Bedeutungen von Geschlechterordnungen und -konstruktionen hat sich als innovativer interdisziplinärer Zugang zum Verständnis kultureller Dynamiken und gesellschaftlicher Transformationsprozesse in Lateinamerika bewährt. Zudem können die theoretischen Ansätze (u.a. feministische Theorie, Gendertheorie und Queer Theory) sowie die methodischen Zugänge (bsp. qualitative Sozialforschung und Diskursanalyse) der Geschlechterforschung auch für Analysen anderer Bereiche fruchtbar gemacht werden. Die Ergebnisse der zahlreichen empirisch ausgerichteten Untersuchungen und Studien der Geschlechterforschung tragen nicht nur dazu bei, strukturell komplexe gesellschaftliche Veränderungen in den lateinamerikanischen Ländern zu erfassen, sondern auch interkulturelle und transkulturelle Phänomene besser nachvollziehbar zu machen.

Im Bereich der Geschlechterforschung finden regelmäßig interdiszplinär ausgerichtete Seminare, Tagungen und Ringvorlesungen am Lateinamerika-Institut statt. Derzeit ist die Geschlechterforschung durch folgende Wissenschaftlerinnen am LAI vertreten: Prof. Dr. Marianne Braig und PD Dr. Martha Zapata Galindo.