Teils fand sich offene Ablehnung gegen die Missionierung, die darin gründete, dass das Christentum als Religion der Eroberer mit deren gewalttätigen Verhalten assoziiert und dadurch zudem die Vorbildfunktion der Eroberer als Christen in Zweifel gezogen war.

Es fanden vielmehr soziale und politische Prozesse statt – nicht zuletzt die gewaltsame Verfolgung der indigenen Religionen –, die dazu führten, dass das Christentum in eigene Glaubenspraktiken eingebunden wurde. Da sich mit der offiziellen Bekehrung zum Christentum nicht zwangsläufig die alltäglichen sozialen Praktiken veränderten, kam es zu synkretistischen Glaubensvorstellungen. So existierten indigene Gottheiten und der christliche Gott gleichzeitig und bekamen von Gruppe zu Gruppe unterschiedlich verschiedene Stellenwerte zugeschrieben. Insbesondere bei von Spaniern verbotenen indigenen Gottheiten wurden deren Charaktere auf christliche Heilige übertragen und konnten somit von Indigenen weiterhin verehrt werden.

Die neuen christlichen Lieder, Gebete, Bilder, Feste und die Buße ersetzten im Laufe der Zeit alte indigene Zeremonien, jedoch ist die Christianisierung der indigenen Bevölkerung als Prozess zu verstehen und nicht als plötzliche und absolute Ersetzung einer Glaubensvorstellung durch eine andere.

Ein Beispiel von religiösem Synkretimus ist der Día de los muertos in Mexiko, dessen Grundlage aztekische Riten und Jenseitsvorstellungen bilden.