Desde el restablecimiento de la asignatura en 2002, la investigación científico-política en el Instituto de Estudios Latinoamericanos aporta a la apertura de la disciplina a nuevas interrogantes académicas y perspectivas interdisciplinarias. El área de Ciencia Política participa en proyectos de investigación de la Facultad de Ciencias Políticas y Sociales de la Freie Universität Berlin. Asimismo, existe una estrecha cooperación en el ámbito investigación con instituciones asociadas universitarias y no universitarias nacionales e internacionales. Las instituciones asociadas nacionales son la Stiftung Wissenschaft und Politik (SWP, Fundación Ciencia y Política: Instituto Alemán para Política Exterior y Seguridad), el Instituto Ibero-Americano (IAI), el Deutsches Institut für Entwicklungspolitik (DIE, Instituto Alemán para Políticas de Desarrollo) y el German Institute for Global and Area Studies (GIGA), entre otras. A nivel internacional, las instituciones asociadas son el Colegio de México, la Universidad Católica de Perú, la Universidade Estadual de Campinas, la Universidad Nacional de Colombia, la University of Hull y la Columbia University, entre otras.