Das Lateinamerika-Institut pflegt seit einigen Jahren besonders intensive Partnerschaften mit verschiedenen Universitäten, die sich besonders in der Forschungskooperation widerspiegeln. Mit diesen Universitäten kooperiert das Lateinamerika-Institut im Rahmen von Forschungsprojekten, Graduiertenkollegs und Forschungsnetzwerken, die zu zahlreichen gemeinsamen Publikationen führen.